新型コロナウイルス感染症拡大影響や緊急事態宣言による外出自粛などによる航空需要減少が見込まれるとして、宮古空港を発着する那覇線で減便の継続及び追加、一部本土路線が運休している。
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全日本空輸（ＡＮＡ）は、１日一往復していた名古屋（中部）線を17日から運休した。28日まで。那覇線はこれまでの１日２往復減便だったが、20日から１往復を追加し、３往復６便が減便となり、運航するのは２往復４便となる。沖縄関係の離島路線では石垣を発着する東京（羽田）、大阪（関西）、名古屋（中部）、福岡がいずれも17日～28日の間、１日１往復運休する。
日本トランスオーシャン航空は、東京が17日から運休。那覇線は継続も含めて30日まで１日当たり４・５往復９便が減便し、運航するのは５往復10便となる。石垣線は20日から１便減便する。減便は３月13日～31日と４月１日～30日の累計で同社が１０７５便、琉球エアーコミューター（ＲＡＣ）が１１３便となる。宮古関係は両社で那覇が２１９便、東京が28便、石垣が11便。
航空業界は新型コロナの影響により国内外で減便や運休が相次いでおり、ジェットスター・ジャパンは10日～５月６日の間、下地島空港と成田、関西を結ぶ全便を運休し、下地島エアポートマネジメントは同じ期間で運営するターミナルを昨年の開港以来、初めて臨時休館としている。
